徐州医科大学工会成立于1959年1月，是被江苏省总工会授予“模范职工之家”单位，下设女职工工作委员会、经费审查委员会两个专门委员会，设立分工会25个。校工会是代表广大教职工根本利益和维护教职工合法权益的群团组织，是校党委、行政联系广大教职工的桥梁和纽带。校工会认真贯彻落实中央党的群团工作会议精神，紧紧围绕着学校党政工作中心任务，按照《工会法》依法治会，依照《工会章程》独立开展工作，按期召开工会会员代表大会。工会现有专职人员6名，各级兼职工会干部200余名，会员入会率100％。
徐州医科大学工会是学校教职工代表大会（简称教代会）的工作机构，教代会下设民主管理工作委员会、提案工作委员会、职工生活福利工作委员会、劳动争议调解工作委员会等四个专门工作委员会。党的十一届三中全会以来，我校于1986年召开首届教职工代表大会，校工会不断加强教代会制度化、规范化建设，发挥教代会各专门工作委员会作用，努力推进全心全意依靠教职工办学、推进校务公开、推进二级教代会制度实施，在加强学校民主管理、民主监督和民主决策等方面做了大量有效的工作，有效促进了学校民主管理制度的贯彻落实。
校工会以教工之家为平台，打造良好的职工文化，实现教职工自我教育、自我管理。加强教职工思想政治引领，弘扬劳模精神。引导女教工弘扬传统美德，培养自尊自信自立自强精神，推进教职工家庭文明建设，培育良好家风。引导中青年骨干教师在教学科研工作中发挥示范作用，开展授课评优、知识技能培训、讲课技能比武、科技创新、科学普及等活动，参加省市级组织的教学竞赛中成绩稳步提升。现有教职工社团协会15个，以群众喜闻乐见、便于参加的形式和方法组织开展各类文化、艺术、体育等活动，将健康的生活理念充实到每一个角落，组织教职工代表参加省、市级各类文艺演出、体育竞赛取得优异成绩。通过教工之家打造健康文明、昂扬向上的职工文化阵地，增强教职工荣誉感和凝聚力。
校工会坚持在学校党委和上级工会的领导下，充分发挥工会“维护、建设、参与、教育”四项基本职能，把党的路线、方针、政策传达到教职工群众中去。牢固树立以群众为本的工作理念，为教职工办实事解难事，及时帮助有困难的职工，全方位提高教职工生活质量，把党的关怀送到每位教职工心中。我校工会2012年荣获江苏省教育科技工会表彰“模范职工之家”，2015年荣获江苏省总工会“模范职工之家”，2019年荣获江苏省总工会颁发“江苏省五一劳动奖状”。